Die Gründung der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ erfolgte am 13. September 1740 auf Geheiß des Königs von Preußen, Friedrich II. (Friedrich der Große), unter dem Namen Loge „Aux trois Globes“ in Berlin.
Bereits als Kronprinz war Friedrich II. im August 1738 in Braunschweig in den Freimaurerbund aufgenommen worden. Nach Gründung der Loge „Aux trois Globes“ wurden sehr bald Tochterlogen gestiftet, so in Meiningen (1741), Frankfurt an der Oder (1741 während der Messe), Breslau (1742), Dresden (1742) oder Neuchátel (1743).
Im Jahre 1744 nahm die Loge den Namen „Große Königliche Mutterloge zu den drei Weltkugeln“ an und hieß seit 1772 „Große National-Mutterloge der Preußischen Staaten genannt zu den drei Weltkugeln“.
1765 geriet die Große Königliche Mutterloge unter den Einfluss der sogenannten Strikten Observanz (= unbedingter Gehorsam), die vom Freiherrn von Hund gegründet worden war. Als Hochgradsystem entwickelt, wurde dieses System auf das Templertum zurückgeführt und von sogenannten „Geheimen Oberen“ geleitet. Alles in Allem gereichte dieses System der Strikte Observanz der Freimaurerei zum Nachteil, da sie insbesondere in der nationalsozialistischen Ära die Grundlage für den Kampf der NS-Machthaber gegen den Freimaurerbund darstellte. Dabei ist es Tatsache, dass die Große Königliche Mutterloge zu den drei Weltkugeln sich bereits 1780 von diesem Irrweg löste, was 1782 auf dem Konvent der Strikten Observanz in Wilhelmsbad nochmals „offiziell“ geschah.
1796 wurde die Großloge mit ihren Tochterlogen unter königliches Protektorat gestellt und 1797 begann mit der Verabschiedung ihrer „Grundverfassung“ eine neue Periode, die zu einer grundsätzlichen Neugestaltung nicht nur ihres rituellen Lehrgebäudes mit sieben Graden führte. Seit dieser Zeit arbeitet die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ endgültig nicht mehr in Hochgraden, sondern in rituell festgelegten Erkenntnisstufen, die das freimaurerische Geschehen vertiefen sollen.
Das 19. Jahrhundert war in Deutschland von der Gründung weiterer Großlogen geprägt, wobei im Wesentlichen noch auf die Zugehörigkeit zu einer christlichen Religionsgemeinschaft bestanden wurde. Die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ behielt diese Forderung bis 1964 bei.
Bis zum Jahre 1878 hatte die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ über 180 Tochterlogen gegründet. Es waren dies 114 Johannis- und 69 Schottenlogen mit insgesamt 13.499 Mitgliedern.
1899 verlieh der König von Preußen den drei „altpreußischen Großlogen“ – es waren dies die Große National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“, die Große Landesloge der Freimaurer von Deutschland und die Große Loge von Preußen, gen. „Royal York zur Freundschaft“ – die Rechte juristischer Personen.
Nach dem Ersten Weltkrieg wurde das Logenleben in Deutschland durch verunglimpfende Auseinandersetzungen mit deutsch-völkischen Gruppierungen beeinträchtigt. In den Jahren nach dem Ersten Weltkrieg erhielten die Freimaurerlogen aber auch einen starken Zuwachs an Interessenten und Suchenden. 1924/25 vereinte die Große National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ in 48 freimaurerischen Vereinigungen, 169 Johannislogen und 88 Schottenlogen insgesamt 22.896 Freimaurer.
Interessant ist die Tatsache, dass zu diesem Zeitpunkt über fünfzig evangelische Geistliche in den Mitgliedslisten der Großen National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ verzeichnet waren.
Mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten am 30. Januar 1933 war das Logenleben vom Kampf ums Überleben geprägt, da die NS-Machthaber der Freimaurerei alles andere als gut gesonnen waren; in totalitären Regimen ist kein Platz für Geistesfreiheit, Toleranz und Humanität.
Auf verschiedenen Wegen wurden Gespräche mit einflussreichen Nationalsozialisten gesucht, zum Teil hier und da auch wohl gefunden. Es sollte keine Anstrengung unterlassen werden, die Logen vor einem Verbot zu retten.
Ein Versuch, am 11. April 1933 durch eine Satzungsänderung bei den NS-Machthabern die bisherige Große National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ in einen „Nationalen Christlichen Orden Friedrich der Große“ umzubenennen, schlug fehl und wurde keiner Antwort gewürdigt. Mitte des Jahres 1934 – nach Niederschlagung des sogenannten „Röhm-Putsches“ – unterwarfen die Nationalsozialisten die bereits um die Hälfte dezimierten Freimaurer stärksten Repressionen mit der Drohung einer Zwangsauflösung.
So blieb nichts weiter übrig, dass die verbliebenen Freimaurerlogen am 16. Juni 1935 unter brutalem Druck zur „Selbstauflösung“ schritten und diese bis zum 15. Juli 1935 vollzogen. Das Vermögen, die Immobilien, sämtliches Brauchtum, Archivalien, selbst Gegenstände des täglichen Lebens wurden beschlagnahmt.
Trotz unentwegter Repressionen und über alle Verbote hinweg blieben in der Zeit von 1935 bis zum Ende des „Dritten Reiches“ – 1945 – die Freimaurerbrüder miteinander verbunden und trafen sich regelmäßig in unverfänglichen Lokalitäten – dies allerdings oftmals in Anwesenheit von Beamten der Geheimen Staatspolizei.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges fand bereits 1946 das „Wieder in Arbeit setzen“ der Großen National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ statt, allerdings beschränkt auf den amerikanischen Sektor.
Im damaligen „westdeutschen“ Gebiet bestanden 1949 zwei Großlogen, die „Große Landesloge der Freimaurer von Deutschland“ sowie die „Vereinigte Großloge der Freimaurer von Deutschland“ die später in die „Vereinigte Großloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer“ umbenannt wurde (AFuAM). Der Letzteren schlossen sich 47 Tochterlogen der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ an. Nur fünf Tochterlogen auf westdeutschem Gebiet verblieben bei der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“.
Es zeichneten sich neue Probleme ab, da die Vereinigte Großloge von Deutschland (AFuAM) die Ansicht vertrat, es gäbe die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ nicht mehr (Selbstauflösungsbeschluss von 1935).
Obwohl im Jahre 1955 durch den Zivilsenat des Bundesgerichtshofes festgestellt worden war, dass der Selbstauflösungsbeschluss keinerlei Rechtswirksamkeit besaß und die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ demzufolge seit ihrer Gründung im Jahre 1740 ohne jede Unterbrechung bestanden hat.
Nach Gründung der Vereinigten Großlogen von Deutschland (VGLvD) im Jahr 1958 wurden durch ein „Brüderliches Abkommen“ 1959 fünfundzwanzig Tochterlogen der Großen National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ in die Vereinigten Großlogen von Deutschland (VGLvD) „einverbrüdert“, wobei die Große National-Mutterlogen „Zu den drei Weltkugeln“ in ihrem Status als Großloge zunächst nicht einbezogen, sondern nur als unbedeutende „Provinzial-Großloge“ eingegliedert wurde.
Bis zum Jahre 1970 prägte Uneinigkeit das Verhältnis zwischen der Vereinigten Großloge von Deutschland (AFuAM) und der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“.
Eine Einigung über die unterschiedlichen Vorstellungen hinweg konnte erst auf dem Konvent der Vereinigten Großlogen (VGLvD) im Oktober 1970 durch eine Änderung der Magna Charta herbeigeführt werden. Statt der bisherigen zwei Vertragspartner durch die Hinzunahme aller Landesgroßlogen und Provinzialgroßlogen – also auch der Großen National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ – wurde auf der „… Basis absoluten gegenseitigen Vertrauens mit dem Ziel, die Einheit der deutschen Freimaurerei immer mehr zu festigen, unbeschadet der Eigenständigkeit der einzelnen in ihnen zusammengeschlossenen Großlogen“ die Einigung vollzogen.‘ (Hans Hinterleitner, Landesgroßmeister der Vereinigten Großloge von Deutschland – AFuAM)
Durch den Fall der Mauer im Jahre 1989 und der damit verbundenen Öffnung der Grenzen konnten die auf dem Gebiet der damaligen „Deutschen Demokratischen Republik“ (DDR) liegenden Freimaurerlogen wieder in Arbeit gesetzt werden.
Ein über 50 Jahre währendes Verbot der Freimaurerei – die DDR hatte das von den NS-Machthabern 1935 ausgesprochene Verbot stillschweigend übernommen – führte dazu, dass die Freimaurerei aus dem Bewusstsein der Bevölkerung verdrängt worden war. Demzufolge ist die Reaktivierung von ehemaligen Freimaurerlogen auf dem Gebiet der ehemaligen „DDR“ schwierig und mit Problemen verbunden.
So konnte es nicht ausbleiben, dass einige Logen nach anfänglicher erfolgreicher Tätigkeit sich wegen zu geringer Mitgliederzahl schließlich als „ruhend“ erklären mussten.